Le décret n°2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, modifie plusieurs dispositions applicables aux fonctionnaires et aux agents contractuels des trois versants de la fonction publique.

Dans la fonction publique territoriale, ce texte modifie notamment le décret n°87-602 du 30 juillet 1987 relatif aux conditions d’aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux ainsi que le décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale.

La réforme porte principalement sur les modalités de prescription et de justification des arrêts de travail, le contrôle des agents placés en congé pour raisons de santé, le suivi des congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD), le temps partiel pour raison thérapeutique (TPT) ainsi que les dispositifs destinés à favoriser la reprise des fonctions et la réadaptation professionnelle.

L’entrée en vigueur des différentes dispositions est échelonnée comme suit : 

• Les dispositions relatives au TPT s’appliquent aux autorisations accordées ou prolongées depuis le 1^er août 2026 ;
• Les dispositions relatives aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1^er septembre 2026 s’appliquent à cette date ;
• Certaines dispositions relatives à la préparation de la reprise des fonctions entreront en vigueur à compter du 1^er janvier 2028 ;
• Les dispositions permettant la réalisation de certains examens médicaux à distance sont, quant à elles, entrées en vigueur le lendemain de la publication du décret.

Le temps partiel pour raison thérapeutique : une procédure modifiée depuis le 1^er août 2026

Le décret modifie substantiellement la procédure applicable au TPT.

Le dispositif permet à un fonctionnaire, lorsque son état de santé le justifie, de reprendre ou de poursuivre son activité professionnelle selon une quotité de travail adaptée, dans les conditions prévues par le Code général de la fonction publique.

• Un délai de décision encadré

Depuis le 1^er août 2026, lorsque la demande de TPT est présentée à l’issue d’un CLM, d’un CLD, d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ou d’une disponibilité d’office pour raisons de santé, la décision de l’autorité territoriale doit intervenir au plus tard au jour de la reprise des fonctions. Il en va de même en cas de demande de renouvellement du TPT.

Dans les autres situations, l’autorité territoriale dispose d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande pour prendre sa décision.

• La possibilité d’un examen médical dès la demande

L’autorité territoriale peut, dès réception de la demande, faire procéder à l’examen du fonctionnaire par un médecin agréé.

L’absence injustifiée de l’agent à cet examen vaut désistement de sa demande.

La réforme ne supprime donc pas la possibilité d’un contrôle médical préalable. Elle met en revanche fin au caractère systématique de certains avis médicaux qui étaient auparavant prévues lors de la prolongation du dispositif.

• Une autorisation accordée dans la limite d’une année

L’autorisation de servir à TPT est désormais accordée dans la limite d’une année. Cette rédaction permet de ne plus subordonner systématiquement l’autorisation à des périodes successives d’une durée déterminée.

La réforme porte ainsi principalement sur les modalités de suivi et de renouvellement du dispositif. Elle ne modifie pas, en elle-même, les conditions de fond permettant de bénéficier du temps partiel pour raison thérapeutique.

• Les décisions de refus ou d’interruption doivent être motivées

Le décret renforce les garanties procédurales applicables à l’agent.

Le refus d’une première demande ou d’une demande de renouvellement, ainsi que l’interruption du TPT à l’initiative de l’autorité territoriale, doivent être motivés.

Lorsque la décision repose sur les nécessités liées à la continuité et au fonctionnement du service, elle doit être précédée d’un entretien avec l’agent. Celui-ci peut se faire assister par une personne de son choix.

Lorsque la décision repose sur un motif médical, elle ne peut intervenir sans l’avis préalable d’un médecin agréé.

• La contestation des conclusions du médecin agréé

Les conclusions rendues par le médecin agréé peuvent être contestées devant le conseil médical siégeant en formation restreinte, par le fonctionnaire ou par l’autorité territoriale.

Lorsque l’agent bénéficie d’une autorisation de TPT au moment de la saisine du conseil médical, cette autorisation est prolongée jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis.

Cette disposition permet d’assurer la continuité du dispositif pendant la période nécessaire à l’examen de la contestation médicale.

Les arrêts de travail : de nouvelles modalités de prescription et de justification à compter du 1^er septembre 2026

À compter du 1^er septembre 2026, les règles relatives aux avis d’arrêt de travail sont modifiées.

Pour les fonctionnaires territoriaux, le décret n°2026-705 renvoie désormais aux modalités prévues par le Code de la sécurité sociale pour l’établissement de l’avis d’arrêt de travail.

• Un avis d’arrêt de travail établi selon les modalités prévues par le Code de la sécurité sociale

L’avis d’arrêt de travail doit être établi selon les modalités fixées par le Code de la sécurité sociale.

Le dispositif prévoit notamment la possibilité de dématérialisation de cet avis.

Ces nouvelles modalités visent à harmoniser les règles applicables aux arrêts de travail dans les secteurs public et privé et à renforcer la sécurisation des documents transmis à l’administration.

Toutefois, l’employeur n’a pas vocation à connaître la pathologie de l’agent. Les informations médicales demeurent couvertes par le secret médical. La collectivité doit disposer des seuls éléments nécessaires à la gestion administrative de l’absence et à l’exercice de ses compétences.

• Une durée de prescription désormais encadrée

Le décret prévoit que l’avis d’arrêt de travail est établi pour une période n’excédant pas la durée fixée par l’article R.162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale, sous réserve des possibilités de dérogation. Le régime applicable aux agents publics s’articule ainsi avec le dispositif d’encadrement de la durée de prescription des arrêts de travail.

En pratique, la durée maximale est fixée à 31 jours pour une première prescription et à 62 jours pour une prolongation. Ces plafonds peuvent toutefois être dépassés lorsque le prescripteur justifie sur la prescription la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient.

Ces durées concernent la durée de chaque prescription médicale et ne doivent pas être confondues avec la durée maximale des droits statutaires à congé pour raisons de santé.

• Les conditions de prolongation d’un arrêt sont précisées

En cas de prolongation de l’arrêt de travail initial, le maintien de la rémunération est désormais subordonné au respect des règles prévues par le Code de la sécurité sociale relatives à la prescription de la prolongation (article L.162-4-4).

La prolongation doit, en principe, être prescrite par le médecin prescripteur de l’arrêt initial. Elle peut toutefois être prescrite par un autre médecin lorsqu’elle est établie par un médecin spécialiste consulté à la demande du médecin traitant, par le médecin remplaçant le prescripteur initial ou le médecin traitant, ou à l’occasion d’une hospitalisation.

En dehors de ces situations, l’agent doit justifier de l’impossibilité pour le médecin prescripteur de l’arrêt initial d’établir la prolongation. Le motif justifiant le recours à un autre prescripteur doit être indiqué sur l’avis d’arrêt de travail.

Le respect de ces conditions constitue ainsi une condition du maintien de la rémunération de l’agent.

Le suivi des congés de longue maladie et de longue durée est simplifié

Le décret modifie les modalités de renouvellement du CLM et du CLD. À compter du 1^er septembre 2026, le CLM ou le CLD peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de six mois, sur présentation d’un avis médical établi selon les nouvelles modalités prévues par le décret.

Cette évolution concerne les modalités de renouvellement et de suivi du congé. Elle ne modifie ni les conditions statutaires d’accès au CLM et au CLD, ni leur durée maximale.

Elle ne revoit pas les compétences du conseil médical dans les hypothèses où sa consultation demeure prévue par les dispositions statutaires.

Un contrôle administratif des agents placés en congé pour raisons de santé

Le décret introduit des dispositions spécifiques relatives au contrôle administratif des agents placés en congé pour raisons de santé.

L’autorité territoriale peut faire procéder au contrôle administratif d’un fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire (CMO), en CLM ou en CLD, par toute personne dûment habilitée à cet effet.

Ce contrôle a pour objet de vérifier le respect, par l’agent, de ses obligations de présence pendant son congé. Il porte sur sa présence à son domicile ou, lorsque celui-ci est différent, sur son lieu de repos, lorsque les sorties ne sont pas autorisées, ainsi que pendant les heures de présence obligatoire lorsque les sorties sont autorisées dans les conditions prévues par la réglementation.

L’absence injustifiée de l’agent lors du contrôle ou son refus de se soumettre à celui-ci entraîne l’interruption du versement de sa rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt de travail concerné. La période pendant laquelle le versement de la rémunération est interrompu demeure toutefois prise en compte dans le décompte de la période de congé en cours.

Contrôle administratif et contrôle médical : deux procédures distinctes

Le contrôle administratif doit être distingué du contrôle médical.

Le contrôle administratif a pour objet de vérifier le respect, par l’agent, des obligations attachées à son congé, notamment en matière de présence au domicile ou sur le lieu de repos.

Le contrôle médical porte, quant à lui, sur la situation médicale de l’agent et relève des professionnels de santé et, le cas échéant, des instances médicales compétentes.

Le contrôle administratif ne porte donc pas sur la pathologie de l’agent. La personne chargée de ce contrôle n’a pas vocation à recueillir des informations relatives à son état de santé.

Cette distinction entre contrôle administratif et contrôle médical doit être respectée dans la mise en œuvre du dispositif, notamment au regard du secret médical.

Une anticipation renforcée de la reprise des fonctions

Le décret introduit un nouveau dispositif destiné à favoriser l’anticipation de la reprise professionnelle.

Au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant trente jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut solliciter le médecin du travail afin de préparer et d’étudier les conditions et modalités de reprise du travail ou d’envisager des actions de formation.

L’agent est assisté, au cours de cette démarche, par une personne de son choix.

Cette disposition vise notamment à permettre une réflexion en amont sur les conditions de reprise, les éventuels aménagements du poste ou du temps de travail ainsi que les actions susceptibles de favoriser le maintien dans l’emploi.

Cette mesure ne sera applicable qu’aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1^er janvier 2028.

La possibilité de suivre une formation ou de réaliser un bilan de compétences pendant un congé pour raisons de santé

Le décret reconnaît également la possibilité, sous certaines conditions, pour un fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, d’un CLM ou d’un CLD, de demander à réaliser ou à poursuivre :

• Une action de formation ;
• Un bilan de compétences.

Cette possibilité est subordonnée à l’avis favorable d’un médecin agréé.

La formation ou le bilan de compétences doit avoir pour objectif de favoriser la réadaptation ou la reconversion professionnelle de l’agent.

L’autorité territoriale dispose d’un délai de 30 jours pour se prononcer sur la demande.

Ce dispositif peut notamment trouver à s’appliquer lorsque l’état de santé de l’agent conduit à envisager une évolution de ses conditions d’exercice ou une réorientation professionnelle.

Il ne constitue pas une autorisation générale d’exercer une activité professionnelle pendant un congé pour raisons de santé : son objet est précisément défini par le texte et sa mise en œuvre est subordonnée à un avis médical favorable.

Le recours aux examens médicaux à distance

Le décret permet désormais que l’examen médical d’un fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, d’un CLM ou d’un CLD soit réalisé à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication.

Cette possibilité est encadrée par les articles R. 6316-2 à R. 6316-5 du Code de la santé publique. Le recours à distance doit être apprécié au regard de sa pertinence par le professionnel médical et garantir notamment l’identification de l’agent, l’authentification du professionnel de santé et l’accès aux données de santé nécessaires à l’examen. L’examen doit également faire l’objet d’une traçabilité, notamment de son compte rendu, de sa date et de son heure et, le cas échéant, des incidents techniques.

L’examen à distance constitue ainsi une modalité possible de contrôle médical, lorsque la nature de l’examen et la situation de l’agent permettent d’y recourir. Il ne constitue pas une généralisation des examens médicaux à distance.

Ces dispositions sont applicables depuis le 1^er août 2026.

Le maintien du demi-traitement dans l’attente de la décision relative au CLM ou au CLD

Le décret précise les conditions de maintien de la rémunération d’un fonctionnaire qui a sollicité un CLM ou un CLD et qui arrive au terme de ses droits à CMO.

Lorsque le fonctionnaire a épuisé ses droits à CMO, le maintien du demi-traitement est assuré jusqu’à la date de la décision de reprise de service ou jusqu’à celle le plaçant en CLM ou en CLD.

Cette disposition permet ainsi de garantir la continuité de la rémunération pendant la période comprise entre l’épuisement des droits à CMO et la décision relative à la demande de CLM ou de CLD.

Le congé pour invalidité temporaire imputable au service : de nouvelles modalités concernant les pièces médicales

Le décret modifie également les dispositions relatives au congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS).

Lorsque l’accident de service, l’accident de trajet ou la maladie professionnelle entraîne une incapacité temporaire de travail, le certificat médical indiquant la nature et le siège des lésions doit être accompagné de l’avis d’arrêt de travail établi selon les nouvelles modalités prévues par le Code de la sécurité sociale.

Cette évolution concerne les modalités de justification de l’incapacité temporaire de travail.

Elle ne modifie pas, en elle-même, les règles relatives à la reconnaissance de l’imputabilité au service.

Il convient donc de maintenir une distinction claire entre :

• La constatation médicale de l’incapacité temporaire de travail ;
• La justification de l’arrêt de travail ;
• La reconnaissance de l’imputabilité au service de l’accident ou de la maladie.

Les agents contractuels de la fonction publique territoriale

Le décret n°2026-705 du 29 juillet 2026 modifie le régime applicable aux agents contractuels territoriaux relevant du décret n°88-145 du 15 février 1988, en étendant à ces agents plusieurs nouvelles règles relatives aux congés pour raisons de santé.

Les modalités d’établissement et de transmission des avis d’arrêt de travail sont désormais adaptées aux règles prévues pour les fonctionnaires territoriaux. Les arrêts doivent notamment être établis et transmis selon les modalités prévues par le décret n°87-602 et par le régime général de sécurité sociale. Le congé de grave maladie peut également être accordé ou renouvelé selon les nouvelles modalités applicables aux fonctionnaires territoriaux.

Le décret renforce par ailleurs les possibilités de contrôle des arrêts de travail. Le contrôle administratif peut désormais être mis en œuvre dans les conditions prévues pour les fonctionnaires territoriaux, notamment afin de vérifier le respect des obligations de présence au domicile ou au lieu de repos lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire. En parallèle, le contrôle médical par un médecin agréé peut être effectué à tout moment pendant un congé de maladie, de grave maladie, d'accident du travail ou de maladie professionnelle. L'agent est tenu de se soumettre à ces contrôles. Le refus du contrôle médical ou, dans les conditions prévues par les textes, le non-respect des obligations liées au contrôle administratif peut entraîner une interruption du versement de la rémunération.

Le décret ouvre également de nouvelles possibilités en matière de préparation de la reprise. Lorsque l'interruption de travail pour raison de santé dépasse 30 jours, une démarche peut être engagée afin de préparer les conditions et modalités de la reprise ou d'envisager des actions de formation. L'agent peut également, sous réserve de l'avis favorable du médecin agréé, réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences pendant son congé afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. Ces dispositions relatives à la préparation de la reprise entreront en vigueur à compter du 1^er janvier 2028.

Enfin, les examens médicaux de contrôle peuvent désormais être réalisés à distance, dans les conditions prévues par le Code de la santé publique. 

Le TPT fait également l'objet d'une évolution pour les agents contractuels. Depuis le 1^eraoût 2026, l'article 9-1 du décret n°88-145 renvoie aux nouvelles dispositions du décret n°87-602 relatives au TPT. Les agents contractuels bénéficient ainsi des nouvelles modalités d'exercice et de suivi du TPT, notamment en ce qui concerne les conditions de décision de l'autorité territoriale, les possibilités de contrôle médical ainsi que la motivation des décisions de refus ou d'interruption du temps partiel pour raison thérapeutique.

Ces évolutions ne revoient pas le régime statutaire propre aux agents contractuels territoriaux. Elles doivent être articulées avec les dispositions du décret n°88-145 et avec celles du régime général de sécurité sociale, notamment en matière d'indemnités journalières et de contrôle des arrêts de travail.